На окраине Кирхин Белла, небольшого городка, попав в которой вы могли бы подумать, что очутились в карамельной сказке, стоит домик, в котором живет юная, но очень веселая девочка. Ее зовут София Ноймюлер. И ничем она особо не отличается от своих сверстниц, за исключением одной небольшой, но весьма важной особенности: девочка родилась в семье, издавна занимавшихся алхимией — наукой, позволяющей не просто преобразовывать металл в золото, а воду в вино, но и творить, порой, настоящие чудеса из, казалось бы на первый взгляд, обычной кучки мусора. А так как воспитали Софию достойно и выросла она доброй, то решила использовать свои навыки для помощи своим согражданам. За умеренное вознаграждение, разумеется. Так и был открыт «Магазинчик Софии», именем которого и названа эта игра.

Но вот беда — родители Софии о своей принадлежности к алхимическому ремеслу либо не знали, либо не желали знать. А потому обучалась девочка не у опытного алхимика, а по старинным бабушкиным учебникам. А это наложило свой отпечаток: первые опыты Софии выходили неудачными, в результате чего слава вокруг ее бизнеса сложилась недобрая, среди жителей Кирхен Белла. Кому охота связываться с девочкой, которая все взрывает и портит за чтобы не взялась, да еще и не убирает после всего этого за собой? Но как даже из-за туч иногда выглядывает солнце, так и София однажды обрела учителя: им стала Плачта — огромный алхимический талмуд, понимающий человеческую речь. Плачта согласилась помочь Софии в достижении цели ее жизни (стать величайшим алхимиком и приносить пользу людям), если в ответ и София окажет ей услугу: поможет вспомнить ее прошлую жизнь и выполнить возложенную на Плачту при ее жизни задание. София согласилась.

Спустя некоторое время, потраченное на учебу и удачные (и не очень) опыты в алхимии, Плачта обрела свой истинный облик. Но то было только началом этой длинной истории…

Первая часть сериала Atelier, что посетит консоль восьмого поколения. В ней игроков ожидает:

Новая история в совершенно новом сеттинге, не имеющая никакого отношения к предыдущим частям;

Новые игровые аспекты, такие как «DollMake», «Групповые заказы» и совершенно новая система «Синтеза», выполненная в виде игры-пазла;

Значительно доработанная и ставшая более динамичной и красочной боевая система.