Компания основана в 1996 году. Всё началось с Secretly Canadian: её в том же 1996 году создали братья Крис и Бен Свенсоны, Эрик Уэддл и Джонатан Каргилл. Позже к ним присоединился Дариус Ван Арман — он основал Jagjaguwar (тоже 1996 год), и в 1999-м лейблы стали работать вместе. В феврале 2007 года партнёры Secretly Canadian и Jagjaguwar вместе с Филом Уолдорфом (бывшим менеджером Misra Records) запустили третий лейбл — Dead Oceans. А в июне 2013 года к команде присоединился The Numero Group (специализировался на переизданиях). В 2018 году в состав вошла Ghostly International. В 2025 году Secretly Group приобрела 50% акций влиятельного независимого лейбла Merge Records.